Para conectarnos al servidor MySQL utilizaremos el siguiente comando

$ mysql -u usuario -p
Enter password:
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 18
Server version: 5.0.45 Source distribution
Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.
mysql>

Este prompt nos indica que mysql esta listo para recibir comandos. Las opciones más importantes de este comando son:

-h => host donde está el servidor (por defecto localhost)
-u => usuario
-p => password
-P => puerto

Para desconectarnos en cualquier momento podemos ejecutar la orden 'quit' o 'exit'

Si queremos administrar el servidor mysql, por ejemplo para crear bases de datos a diferentes usuarios entraremos como root

 $ mysql -u root -p

Al instalar el servidor, se crean dos cuentas con el nombre root. Son cuentas que pueden realizar cualquier tarea sobre el servidor, pero inicialmente estas cuentas no tienen contraseña. Por lo que es necesario poner una contraseña al usuario root. Ademas se crean dos cuentas de usuario anónimo, cada una con un nombre vacio, tampoco tienen contraseñas. Las cuentas anonimas sirven para conectarse al servidor desde localhost y tienen todos los permisos sobre la base de datos test.

Para asignar una contraseña al usuario root exiten varios procedimientos:

1) Conectandonos como root al servidor mysql, podemos hacerlo de las siguientes modos:

1.1) mysql>set password for 'root'@'localhost' = password('contraseña');

1.2) mysql>update mysql.user set password = password ('contraseña') where user = 'root';

      mysql>flush privileges;

Con  flush privieges forzamos a que el servidor refresque los permisos, sino los cambios no tendrian efecto hasta que el servicio se reinicie.

2) Empleando mysqladmin

$ mysqladmin -u root password "contraseña"